gnuplotでは3次元でグラフを立体的に表示させる事ができますが、1次元分の数値データの高低を色で表現し2次元平面でプロットする事が可能です。その場合 set pm3d map と入力します。その後は3次元グラフをプロットするためのコマンド splot を用いてグラフをプロットします。
gnuplot> set pm3d map
gnuplot> splot x*x+y*y
set pm3d map を用いた上記のプロット例は、色の分け方が画質が荒い画像のようです。もし、もう少しなめらかに色が変化するようにプロットしたい場合は、コマンド set isosamples (x軸と垂直に交わるライン数) , (y軸と垂直に交わるライン数) を用いて、メッシュのライン数を増やしてからプロットします。
以下はメッシュのライン数を各軸100本にしてからプロットした例です。
gnuplot> set pm3d map
gnuplot> set isosamples 100,100
gnuplot> splot x*x+y*y